No existen datos fehacientes de la fecha en que grupos humanos se asentaron en lo que hoy es el municipio de San Francisco del Rincón sin embargo, en un lugar cercano a la Hacienda de San Isidro se han encontrado restos de animales prehistóricos lo que evidencia la presencia human a desde aquellos lejanos tiempos, y en distintas partes de su territorio, especialmente en la zona arqueológica del Cerro del Burro, cercano a la comunidad de La Gloria, estuvo habitado desde remotos tiempos por gente que recibió la influencia de la cultura teotihuacana, como lo atestigua su cerámica.
Posteriormente, en tiempo muy cercano a la presencia de los españoles en la región, en el municipio de San Francisco se asentaron grupos chichimecas, conocidos localmente con los nombres de huachichiles, bapames, etc. Estos indígenas, antes de someterse al dominio hispano, se alejaron de esta parte del Bajío guanajuatense, razón por la cual a principios del siglo XVII, exactamente en 1602, se establecieron en la Hacienda de Santiago 15 indígenas otomíes con la intención de fundar el pueblo del Rincón, sin duda para proporcionar su mano de obra a las estancias agroganaderas de la región, especialmente la mencionada Hacienda de Santiago. El pueblo indígena de San Francisco del Rincón se fundó legalmente el día 20 de enero de 1607 por once indios de nación otomí cuyos nombres son: Juan López, Juan Andrés, Andrés López, Lucas Gavilán, Pedro Nicolás, Juan García, Francisco Hernández, Gabriel Francisco, Jerónimo Joseph, Sebastián y Alonso Martín. En el acto legal de la fundación se halló presente el Lic. Juan Paz de Vallecillo, oidor y visitador de la Real Audiencia de Nueva Galicia, quien con su firma autorizó la nueva población, la que desde 1615 se llamó San Francisco del Rincón. El primitivo pueblo del Rincón se asentó junto al ojo de agua y río que pasa muy cerca de la Hacienda de Santiago, razón por la cual en 1612 la creciente les llevó sus sementeras y casas, por lo que solicitaron autorización para trasladar su pueblo a un lugar más alto, con el fin de precaverse de futuras desgracias. Este traslado, en el centro actual de la ciudad, se efectuó el 26 de noviembre de 1613.
San Francisco se fundó como república de indios, con la facultad de elegir a sus propias autoridades para los asuntos internos, pero supeditado política, administrativa y tributariamente, primero al Alcalde Mayor de la Villa de Santa María de los Lagos y, posteriormente, a partir de 1629, al de la Villa de San Sebastián de León, situación que prevaleció hasta el año de 1891. Durante el largo periodo colonial, la historia de San Francisco se reduce a la defensa y acrecentamiento de sus tierras y aguas, pues se enfrascaron en litigios casi interminables con los sucesivos propietarios de la Hacienda de Santiago, aunque no faltaron los pleitos con otros predios circunvecinos, como San Roque y San Germán. Un hecho que turbó la tranquilidad ancestral del Pueblo Grande del Rincón, fue el tumulto ocurrido en 1755, cuando los indígenas intentaron desalojar a los españoles que se habían avecindado en el pueblo, rebelándose contra las autoridades leonesas.
San Francisco del Rincón